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WhatsApp web के सबसे बड़े मुद्दों में से एक है कि इसको आपके पी सी पर इस्तेमाल करने के लिए आपको एक अनुकूलित ब्राउज़र को चलाने की जरुरत पड़ती है। संयोगवश, यह पूरी तरह से स्वतंत्र डेस्कटॉप क्लाइंट संस्करण, इसके अपने विन्डो के अन्दर चलाने में बहुत सरल है, और इसमें वेब संस्करण की सभी विशेषताएँ शामिल हैं।
बिलकुल वेब ब्राउज़र संस्करण की भांति, आपको इस प्रोग्राम को अपने सेलफोन के साथ एक QR कोड स्कैन करके सिंक करना होगा जो आप अपने स्मार्टफोन पर Whatsapp के भीतर से कर पाएंगे। बस इस एप्प के मेनू बार के अन्दर WhatsApp Web लेबल लगे हुए आइकॉन पर टैप करें। इसके बाद, आपके सभी वार्तालाप, सत्र एवं संपर्क सिंक हो जाएँंगे और आप अपने पी सी से ही बिना किसी परेशानी के उनके साथ बातचीत कर पाएँगे।
समूह प्रबंधित करते समय, संदेश भेजते और प्राप्त करते समय आप अपने डेस्कटॉप के साथ एकीकृत कैमरे का उपयोग कर सकते हैं (यदि कोई उपलब्ध हो तो), आपके द्वारा ली गई वीडियो और फ़ोटो भेजने के लिए। केवल एक ही सीमा है जिसे हमने अभी उल्लेख किया है; आपको अपने डेस्कटॉप पर इसका उपयोग करने के लिए इसे अपने Android या iOS पर इन्स्टॉल और चलाने की आवश्यकता होगी।